ОБ УТВЕРЖДЕНИИ МЕТОДИКИ ПРОИЗВОДСТВА МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ГЕННО-ИНЖЕНЕРНО-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ОРГАНИЗМОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА КОРМОВ И КОРМОВЫХ ДОБАВОК ДЛЯ ЖИВОТНЫХ, А ТАКЖ...



В201901058

ОПУБЛИКОВАНО:

ОФИЦИАЛЬНЫЙ ИНТЕРНЕТ-ПОРТАЛ ПРАВОВОЙ ИНФОРМАЦИИ (www.pravo.gov.ru), 30.05.2019, N 0001201905300060,

ЗАРЕГИСТРИРОВАНО В МИНИСТЕРСТВЕ ЮСТИЦИИ РФ 29.05.2019 ПОД N 54779

МИНИСТЕРСТВО СЕЛЬСКОГО ХОЗЯЙСТВА

РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПРИКАЗ

22.03.2019 N 126

ОБ УТВЕРЖДЕНИИ МЕТОДИКИ ПРОИЗВОДСТВА

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЕННО-ИНЖЕНЕРНО-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ОРГАНИЗМОВ,

ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА КОРМОВ

И КОРМОВЫХ ДОБАВОК ДЛЯ ЖИВОТНЫХ, А ТАКЖЕ КОРМОВ

И КОРМОВЫХ ДОБАВОК ДЛЯ ЖИВОТНЫХ, ПОЛУЧЕННЫХ

С ПРИМЕНЕНИЕМ ТАКИХ ОРГАНИЗМОВ ИЛИ СОДЕРЖАЩИХ

ТАКИЕ ОРГАНИЗМЫ

В соответствии с пунктом 13 Правил государственной регистрации генно-инженерно-модифицированных организмов, предназначенных для выпуска в окружающую среду, а также продукции, полученной с применением таких организмов или содержащей такие организмы, включая указанную продукцию, ввозимую на территорию Российской Федерации, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 23 сентября 2013 г. N 839 (Собрание законодательства Российской Федерации, 2013, N 39, ст. 4991; 2014, N 25, ст. 3317; 2017, N 28, ст. 4145; 2018, N 6, ст. 896; N 41, ст. 6260), приказываю:

Утвердить прилагаемую Методику производства молекулярно-генетического исследования генно-инженерно-модифицированных организмов, используемых для производства кормов и кормовых добавок для животных, а также кормов и кормовых добавок для животных, полученных с применением таких организмов или содержащих такие организмы.

Министр

Д.Н. Патрушев

УТВЕРЖДЕНА

приказом Минсельхоза России

от 22.03.2019 N 126

МЕТОДИКА

ПРОИЗВОДСТВА МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЕННО-ИНЖЕНЕРНО-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ОРГАНИЗМОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ

ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА КОРМОВ И КОРМОВЫХ ДОБАВОК ДЛЯ ЖИВОТНЫХ,

А ТАКЖЕ КОРМОВ И КОРМОВЫХ ДОБАВОК ДЛЯ ЖИВОТНЫХ,

ПОЛУЧЕННЫХ С ПРИМЕНЕНИЕМ ТАКИХ ОРГАНИЗМОВ

ИЛИ СОДЕРЖАЩИХ ТАКИЕ ОРГАНИЗМЫ

I. Общие положения

1. Настоящая Методика устанавливает порядок проведения молекулярно-генетического исследования генно-инженерно-модифицированных организмов, используемых для производства кормов и кормовых добавок для животных, а также кормов и кормовых добавок для животных, полученных с применением таких организмов или содержащих такие организмы (далее - исследование, ГМО, продукция соответственно).

2. Исследование проводится организацией (испытательной лабораторией), аккредитованной в национальной системе аккредитации, с областью аккредитации, соответствующей исследованиям, указанным в настоящей Методике.

3. Результаты исследования ГМО оформляются заключением о результатах исследования, составляемым на основании протоколов испытаний, которое должно содержать:

наименование заключения;

полное наименование и место нахождения организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования;

наименование ГМО с указанием его таксономического статуса;

полное наименование и место нахождения, идентификационный номер налогоплательщика (ИНН) юридического лица, осуществляющего на территории Российской Федерации генно-инженерную деятельность в целях создания ГМО (далее - заявитель ГМО);

полное наименование и место нахождения юридического лица либо фамилия, имя, отчество (при наличии), место жительства индивидуального предпринимателя - изготовителя образцов ГМО;

вид предполагаемого целевого использования ГМО;

место депонирования и коллекционный номер (указывается для депонированных штаммов ГМО);

сведения о трансформационном событии в виде кода, сформированного согласно Общероссийскому классификатору трансформационных событий;

регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации ГМО, предназначенного (предназначенных) для выпуска в окружающую среду, на основе которого (которых) создан ГМО, в отношении которого проведено исследование (в случае если ГМО создан на основе иного (иных) ГМО), либо указание на то, что ГМО не создан на основе иного (иных) ГМО;

регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации ГМО для иного целевого использования (при наличии);

сведения о регистрации ГМО за рубежом (при наличии); оценку полноты документов и данных, представленных заявителем ГМО для исследования;

краткое содержание документов и данных, представленных заявителем ГМО для исследования;

описание образцов ГМО и исходного организма-реципиента, представленных заявителем ГМО для исследования, с указанием их количества, а также оценку их пригодности для проведения исследования;

выводы о результатах исследования: о молекулярно-генетической структуре ГМО, об отсутствии или наличии не заявленных генетических конструкций;

об эффективности метода идентификации ГМО, сведения о соответствии генетической модификации природным (естественным) процессам;

фамилии, имена, отчества (при наличии), должности, места работы, ученые степени (при наличии) лиц, проводивших исследование;

дату и номер заключения;

подпись руководителя организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования.

4. Результаты исследования продукции оформляются заключением о результатах исследования, составляемым на основании протоколов испытаний, которое должно содержать:

наименование заключения;

полное наименование и местонахождение организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования;

наименование продукции;

полное наименование и место нахождения юридического лица, осуществляющего изготовление (поставку) продукции (далее - заявитель продукции);

регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации ГМО, с применением которого получена продукция или который она содержит (указывается регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации каждого ГМО, содержащегося в продукции или с применением, которого она получена);

специальные условия использования ГМО, с применением которого получена продукция или который она содержит (при наличии);

сведения о регистрации продукции за рубежом (при наличии); компонентный состав продукции, включая информацию о количестве ГМО (доля содержания в %);

оценка полноты представленных на экспертизу документов и данных, представленных заявителем продукции для исследования;

краткое содержание документов и данных, представленных заявителем продукции для исследования;

описание образцов продукции, представленных заявителем продукции для исследования, с указанием их количества, а также оценку их пригодности для проведения исследования; выводы о наличии или отсутствии заявленного ГМО в образцах продукции;

фамилии, имена, отчества (при наличии), должности, места работы, ученые степени (при наличии) лиц, проводивших исследование;

срок действия свидетельства о государственной регистрации продукции, соответствующий сроку действия свидетельства о государственной регистрации ГМО, с применением которого получена продукция или который она содержит. Если продукция получена с применением нескольких ГМО или содержит несколько ГМО, срок действия свидетельства о государственной регистрации продукции должен соответствовать минимальному сроку действия свидетельства о регистрации ГМО, с применением которого продукция получена или который продукция содержит;

дату и номер заключения;

подпись руководителя организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования.

5. К заключению о результатах исследования ГМО или продукции должны прилагаться протоколы испытаний, на основании которых составлено соответствующее заключение, подписанные лицами, проводившими испытания.

6. Требования к проведению исследования приведены в приложении к настоящей Методике.

7. В случае если заявителем не представлены документы и данные, предусмотренные настоящей Методикой, и (или) образцы ГМО и исходного организма-реципиента или образцы продукции, пригодные для проведения исследований, в количестве, необходимом для проведения исследований, исследование не проводится. Заявителю должен быть выдан мотивированный отказ в проведении исследования, подписанный руководителем организации (испытательной лаборатории), аккредитованной в национальной системе аккредитации, с областью аккредитации, соответствующей исследованиям, указанным в настоящей методике, в которую обратился заявитель для проведения исследования.

II. Исследование ГМО, являющихся микроорганизмами

8. В рамках исследования осуществляется анализ представленных заявителем ГМО документов и данных:

а) наименования ГМО с указанием его таксономического статуса;

б) полного наименования и места нахождения, идентификационного номера налогоплательщика (ИНН) заявителя ГМО;

в) полного наименования и место нахождения юридического лица либо фамилия, имя, отчество (при наличии), место жительства индивидуального предпринимателя - изготовителя образцов ГМО;

г) вид предполагаемого целевого использования ГМО;

д) сведений об исходном организме-реципиенте (таксономическая характеристика с указанием метода идентификации; источник выделения штамма: субстрат, географический пункт, дата выделения; методы идентификации штамма, кем идентифицирован (фамилия, имя, отчество (при наличии)), ссылка на использованные определители);

е) сведений о трансформационном событии в виде кода, сформированного согласно Общероссийскому классификатору трансформационных событий;

ж) информации об организмах-донорах вносимых генов (с указанием группы патогенности при наличии);

з) описания структуры генетической конструкции (внесенной или удаленной) и места ее локализации, характеристики встроенных или измененных генов;

и) информации о генетической модификации: описания метода модификации, структуры вектора, структуры вставки, расположения рекомбинантной ДНК (хромосома, плазмида, мобильные элементы), включая фланкирующие последовательности, включение в состав мобильных генетических элементов;

к) регистрационного номера свидетельства о государственной регистрации ГМО, предназначенного (предназначенных) для выпуска в окружающую среду, на основе которого (которых) создан ГМО, в отношении которого проводится исследование (в случае если ГМО создан на основе иного (иных) ГМО), либо указания на то, что ГМО не создан на основе иного (иных) ГМО;

л) описания методики, позволяющей идентифицировать генетическую модификацию, в том числе описания нуклеотидных последовательностей, используемых праймеров, зондов и условий полимеразной цепной реакции (далее - ПЦР);

м) информации о месте депонирования и коллекционном номере штамма ГМО, паспорт штамма ГМО (для депонированных штаммов ГМО) либо информации о культурально-морфологических, физиолого-биохимических (ферментативных), антигенных, биологических свойствах и генетических особенностях штамма ГМО; об условиях культивирования: наименованиях питательных сред, рН среды, температуре и продолжительности выращивания, сроке хранения и периодичности пересева культуры штамма ГМО в нативной форме; о применяемом способе и условиях хранения штамма ГМО: в случае лиофилизации указывается продолжительность выращивания на питательной среде (возраст культуры), состав защитной среды, титр клеточной суспензии, режим высушивания, температура хранения, срок хранения; в случае криоконсервации указывается продолжительность выращивания на питательной среде (возраст культуры), состав защитной среды, титр клеточной суспензии, скорость замораживания (град/мин), температура хранения, срок хранения; о диссоциации культуры в зависимости от метода хранения (описание морфологических типов колоний на конкретной среде с подробным описанием типа колонии, сохраняющего полезный или диагностический признак); о среде, на которой заявителем предоставляется штамм ГМО; о количестве, дате приготовления и сроке годности образцов штамма ГМО (в случае непредоставления информации о месте депонирования и коллекционном номере штамма ГМО, паспорта штамма ГМО);

н) регистрационного номера свидетельства о государственной регистрации ГМО для иного целевого использования (при наличии);

о) информации о регистрации ГМО за рубежом (при наличии);

п) данных полногеномного секвенирования ГМО (при наличии). Заявителем ГМО для исследования предоставляются образцы ГМО и исходного организма-реципиента.

9. В рамках исследования осуществляются следующие испытания представленных заявителем образцов ГМО и исходного организма-реципиента:

а) проверка (валидация) методики идентификации ГМО, в том числе оценка чувствительности и специфичности данной методики в соответствии с критериями эффективности, указанными в таблице N 3 приложения к настоящей Методике;

б) подтверждение присутствия (отсутствия) заявленной генетической модификации в геноме ГМО;

в) подтверждение присутствия (отсутствия) маркерных и селективных генов в геноме ГМО, указанных в таблице N 1 приложения к настоящей Методике;

г) проведение полногеномного секвенирования ГМО, который содержится в продукции в жизнеспособном виде (в случае непредставления заявителем ГМО данных полногеномного секвенирования ГМО, представляющего собой плазмиду, бактерию, одноклеточное простейшее, животное, гриб), проведенного с использованием методики полногеномного секвенирования, соответствующей критериям эффективности, указанным в таблице N 4 приложения к настоящей Методике.

10. Полногеномное секвенирование ГМО проводится с использованием методики полногеномного секвенирования, соответствующей критериям эффективности, указанным в таблице N 4 приложения к настоящей Методике.

III. Исследование ГМО растительного происхождения

11. В рамках исследования осуществляется анализ представленных заявителем ГМО документов и данных, предусмотренных подпунктами "а" - "л" пункта 8 настоящей Методики, а также данных секвенирования вставки ГМО и бордерных последовательностей, не менее 100 нуклеотидов по флангам генома реципиента (при наличии).

Заявителем ГМО для исследования предоставляются образцы ГМО и исходного организма-реципиента.

12. В рамках исследования осуществляются следующие испытания представленных заявителем образцов ГМО и исходного организма-реципиента:

а) проверка (валидация) методики идентификации ГМО, в том числе оценка чувствительности и специфичности данной методики в соответствии с критериями эффективности, указанными в таблице N 3 приложения к настоящей Методике;

б) подтверждение присутствия (отсутствия) заявленной генетической модификации в геноме ГМО;

в) подтверждение присутствия (отсутствия) генетических последовательностей в геноме ГМО, указанных в таблице N 2 приложения к настоящей Методике.

IV. Исследование ГМО животного происхождения

13. В рамках исследования осуществляется анализ представленных заявителем ГМО документов и данных, предусмотренных подпунктами "а" - "л" пункта 8 настоящей Методики, а также данных секвенирования вставки ГМО и бордерных последовательностей, не менее 100 нуклеотидов по флангам генома реципиента (при наличии).

Заявителем ГМО для исследования предоставляются образцы ГМО и исходного организма-реципиента.

14. В рамках исследования осуществляются следующие испытания представленных заявителем образцов ГМО и исходного организма-реципиента:

а) проверка (валидация) методики идентификации ГМО, в том числе оценка чувствительности и специфичности данной методики в соответствии с критериями эффективности, указанными в таблице N 3 приложения к настоящей Методике;

б) подтверждение присутствия (отсутствия) заявленной генетической модификации в геноме ГМО;

в) подтверждение присутствия (отсутствия) незаявленных генетических последовательностей в геноме ГМО.

V. Исследование продукции

15. В рамках исследования осуществляется анализ представленных заявителем продукции документов и данных:

а) наименования продукции;

б) полного наименования и места нахождения заявителя продукции;

в) регистрационного номера свидетельства о государственной регистрации ГМО, с применением которого получена продукция или который она содержит (указывается регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации каждого ГМО, содержащегося в продукции или с применением, которого она получена);

г) компонентного состава продукции, включая информацию о количестве ГМО (доля содержания в %);

д) описания методики, позволяющей идентифицировать генетическую модификацию, в том числе описание нуклеотидных последовательностей, используемых праймеров, зондов, и условий ПЦР;

е) специальных условий использования ГМО, с применением которого получена продукция или который она содержит (при наличии);

ж) информации о регистрации продукции за рубежом (при наличии). Заявителем продукции для исследования предоставляются образцы продукции.

16. В рамках исследования осуществляются следующие испытания представленных заявителем образцов продукции:

а) проведение идентификации заявленного (заявленных) ГМО в образцах продукции;

б) проведение скрининга для подтверждения присутствия заявленных генетических модификаций в образцах продукции.

Приложение

к Методике производства

молекулярно-генетического

исследования генно-инженерно-

модифицированных организмов,

используемых для производства

кормов и кормовых добавок для

животных, а также кормов и кормовых

добавок для животных, полученных

с применением таких организмов

или содержащих такие организмы

Таблица N 1. Основные маркерные и селективные гены, являющиеся

составляющими частями генно-инженерных конструкций микроорганизмов

Мишень

Описание

Ген LacZ

Кодирует фермент b-галактозидазу. Используется в векторных плазмидных конструкциях (pCR2.1TOPO, pVIK112, pBSKSII), включает область полилинкера для клонирования рекомбинантных генов. При наличии данного фермента бесцветный субстрат X-gal превращается в окрашенный продукт, бактериальные колонии, экспрессирующие LacZ, имеют голубой цвет

Ген gfp

Ген зеленого флуоресцентного белка используется в ряде векторных плазмид для генно-инженерных манипуляций (pKEN-gfpmut2, pRK415-gfp) в качестве светящейся метки

Ген amp

Кодирует устойчивость к ампициллину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pBR322, pUC18, pBSKSII, pET, pCR2.1TOPO)

Ген Km

Кодирует устойчивость к канамицину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pVIK112, рМС212)

Ген tetO

Кодирует устойчивость к тетрациклину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pBR322)

Fl ori

Ориджин репликации плазмид (pBSKSII, pKEN-gfpmut2, pCR2.1 TOPO)

Транспозон Tn7L

Фрагмент обеспечивает транспозицию рекомбинантных генов из плазмид в геном (pRK415-gfp)

Ген ermC

Кодирует устойчивость к эритромицину, плазмидные вектора

Ген cat

Кодирует устойчивость к хлорамфениколу, плазмидные вектора

R6K ori

Ориджин репликации плазмид (pVIKl 12)

Таблица N 2. Основные генетические последовательности

в геноме ГМО растительного происхождения

ПЦР мишень

ГМ линии сои, кукурузы и рапса, содержащие данный элемент

Промотор p-CaMV35S

GTS 40-3-2, А2704-12, А5547-127, ВТ 176, ВТ11, MON810, GA21, MON88017, NK603, MON863, Т25, Т45

Терминатор t-NOS

GTS 40-3-2, MON863, MON531, MON757, MON1076, MON1445, MON1698, MON15985, ВТ11, GA21, NK603, MON802, 3272, MIR604, MON88017

Промотор p-FMV

MON89788, MON89034, GT73

Промотор p-SSuAra

MS1, RF1, RF2, MS8xRF3

Промотор р-ТА29

MS1, RF1, RF2, MS8xRF3

Промотор p-NOS

MS1, RF1, RF2, Topas 19-2

Терминатор t-E9

MON89788

Терминатор t-35S

ВТ 176, T14, T25, 3272, A2704-12, A5547-127, T45, Topas19/2

Терминатор t-OCS

MS1, RF1, RF2

Терминатор t-g7

MS1, RFl, RF2, MS8xRF3

Ген pat

TC1507, 59122 A2704-12, A5547-127, T25, T45,

ПЦР мишень

ГМ линии сои, кукурузы и рапса, содержащие данный элемент

Bt11, DAS-59132-8, 281-24-236 Topas 19/2, DAS-44406-6, SYHT0H2, MZHG0JG, MON 87419

Выявление регуляторных элементов и целевых генов, используемых для получения ГМО растительного происхождения, осуществляется в соответствии с национальными и (или) межгосударственными стандартами, действующими в Российской Федерации.

Таблица N 3. Критерии эффективности методики идентификации ГМО

N п/п

Характеристика

Описание характеристики

Критерий

Методы оценки критерия

1

Специфичность ПЦР

Способность ПЦР тест-системы выявлять только целевую ДНК

ПЦР тест-система должна выявлять целевую ДНК. ПЦР тест-система не должна давать ложноположительных результатов, в том числе выявлять ДНК близкородственных и неродственных биологических видов, в 100% проводимых исследований

Для оценки специфичности используют контрольные панели образцов. В состав панели входят образцы, содержащие целевую ДНК и не содержащие целевую ДНК

2

Чувствительность ПЦР

Наименьшее содержание копий целевой ДНК, которое может быть определено с использованием данной ПЦР методики, в первую очередь, зависит от свойств используемых праймеров и зондов

Чувствительность должна быть не ниже 100 копий целевой ДНК, например, плазмидной, в одной ПЦР реакции

Проводят исследования ряда десятикратных разведений целевой плазмидной ДНК с известной концентрацией в двух повторах каждое. Определяют максимальное разведение, при котором ДНК воспроизводимо выявляется (в двух повторах)

3

Эффективность ПЦР

Характеризует прирост матрицы на каждом цикле амплификации

Эффективность ПЦР должна быть не ниже 90%. Это соответствует значению наклона линейной области зависимости Ct от логарифма концентрации ДНК

матрицы (slope): не ниже - 3,6 (приемлем диапазон slope 3,1-3,6)

Для оценки эффективности ПЦР проводят амплификацию с рядом десятикратных разведений целевой плазмидной ДНК (пункт 2 настоящей таблицы) в двух повторах каждое. По результатам

амплификации строят график зависимости Ct от логарифма концентрации ДНК матрицы. Определяют наклон линейной области (slope). Эффективность ПЦР оценивают по уравнению:

E = [10(-1/slope)]-1, в идеальном случае - при удвоении количества ПЦР продукта за один цикл: Е = 100%, (slope = -3, 32)

4

Предел обнаружения ПЦР-тест системы (LOD)

Отражает минимальное количество биологического искомого объекта в исследуемом образце, которое может достоверно обнаружить данный метод

Чем меньше искомого биологического объекта способен выявить метод, тем выше его чувствительность. Определяется экспериментально, но должен составлять не более 0,1%

Готовят ряд модельных образцов с разным содержанием целевой матрицы. Готовят образцы целевого ГМО ингредиента (от 5% до 0,001% содержания) в соответствующей матрице. Исследуют приготовленную

панель с использованием ПЦР методики. Определяют минимальное 1 содержание ГМО ингредиента в тотальной ДНК организма, при котором ГМО воспроизводимо выявляется (в десяти повторах)

5

Предел количественного определения (LOQ, quantitation limit)

Наименьшее количество (концентрация) вещества в образце, которое может быть количественно оценено с использованием методики с требуемой правильностью и внутри лабораторной прецизионностью

Предел должен быть не более 0,1%. На пределе чувствительности относительное стандартное отклонение (RSD) не должно превышать 20%.

Истинное значение измеряемой величины должно входить в полученный при измерениях доверительный интервал

Исследуют 10 повторов 0,1% ГМО стандарта по ПЦР методике. Рассчитывают среднее значение содержания ГМО в образце и относительное стандартное отклонение (RSD). Сравнивают рассчитанное стандартное

отклонение (RSD) с критерием 20%. Также оценивают, входит ли истинное значение в доверительный интервал полученного среднего значения

6

Аналитическая область (dynamic range)

Интервал определяемых аналитических характеристик, в котором получаемые результаты имеют приемлемый уровень правильности и прецизионности, приемлем диапазон 0,1% - 5%

Диапазон 0,1% -5% гмо экспериментальных данных, должен удовлетворять линейной модели (пункт 7 настоящей таблицы)

Проводят исследования образцов с различным содержанием ГМО. Оценивают линейность зависимости аналитического сигнала

7

Линейность

Наличие линейной зависимости аналитического сигнала в анализируемой пробе в пределах аналитической области методики. Оценивается как R2 коэффициент корреляции, определяющий верность модели линейной зависимости Ct от логарифма концентрации калибровочных образцов

R2 коэффициент для калибровочных образцов должен быть не менее 0,98%

Исследуют в двух повторах 0,1%, 1,0% и 5% калибровочные ГМО стандарты по ГЩР методике. Строят калибровочную прямую (dCt от lgC), оценивают коэффициент корреляции данных с линейной зависимостью (R2)

8

Правильность

Правильность методики характеризуется отклонением среднего результата определений, выполненных с ее использованием, от значения, принимаемого за истинное

Методика дает корректные результаты, если значения, принимаемые за истинные, лежат внутри

Готовят образцы из калибровочных стандартов 0,1%, 1,0% и 5% с добавлением матриц различного происхождения (для этого смешивают

доверительных интервалов соответствующих средних результатов анализов, полученных экспериментально по данной методике

стандарты с другими ингредиентами, сухим молоком, мясным фаршем, рыбной мукой). Исследуют образцы по ПЦР методике в двух повторах. Оценивают, входит ли истинное значение в диапазон погрешности полученного среднего значения для каждого образца

При использовании методики, основанной на ПЦР, исследование включает последовательные процессы: подготовку проб, выделение нуклеиновых кислот из образцов, амплификацию заданных фрагментов нуклеиновых кислот, детекцию продуктов амплификации, анализ и интерпретацию результат.

Таблица N 4. Критерии эффективности методики

полногеномного секвенирования

Этап анализа

Характеристика

Описание характеристики

Критерий

Подготовка библиотеки для секвенирования

Концентрация геномной ДНК

не менее 0,2 нг/мкл

Размер фрагментов ДНК

Распределение фрагментов по длинам, устанавливается электрофоретически (например, на капиллярных анализаторах)

распределение в диапазоне 250-1000 п.н. Максимум распределения 300-500 п.н.

Распределение качества идентификации нуклеотидов

Q=-10log10p, где р - вероятность неправильного определения нуклеотида

Q>20, то есть вероятность ошибки не более 0,01

Среднее качество прочтения

Q>25

Проведение массового параллельного секвенирования

Служебные последовательности

Наличие служебных последовательностей (адаптеров, индексов) в прочтении

должны отсутствовать

Покрытие чтения

число чтений, содержащих определенный нуклеотид последовательности генома

не менее десятикратного покрытия

Представленность нуклеотидов в каждом цикле

Максимальное отклонение между А и Т или G и С

не более 20% в любой позиции

GC-состав на прочтение

Сумма отклонений от ожидаемого распределения

не более 30% прочтений